Капернаумская синагога была открыта в самом начале изучения библейских памятников Святой земли, в эпоху великих первооткрытий в археологии Израиля, — в 1838 году. Один из серьезнейших уронов был нанесен памятнику в конце XIX века, когда, протестуя против исследования синагог в Галилее европейскими и еврейскими археологами, арабы разобрали Капернаумскую синагогу. История изучения синагоги — это настоящий детектив, который занимает целые тома трудов.